Возник у японцев из древнего культа одухотворения природы и обожествления умерших предков. Согласно учению, человек ведёт своё происхождение от одного из бесчисленных духов, влиятельных богов (ками), среди которых особое место занимала богиня Солнца - Аматерасу. Душа умершего, при определённых обстоятельствах, способна стать ками. В свою очередь, ками обладает способностью воплотиться в ритуальные предметы (меч, зеркало, фигурку бога, дощечку с именем божества), и такой предмет (синтай) превращается в объект поклонения.
Синтоистская служба состоит из 4 элементов: очищения (хараи), жертвоприношения (синсэй), краткой молитвы (норито) и возлияния (наораи).
С V - VI веков н.э. императорский двор стал руководить деятельностью главных синтоистских храмов.